Les analyses bactériologiques sont un des moyens d'autocontrôle pour vérifier la conformité de l'hygiène par rapport à la réglementation. Elles ont pour but d' évaluer la flore pathogène et la flore d'altération présentes dans les aliments. Ceux ci sont rarement stériles. Ils sont souvent contaminés soit de façon primaire, soit lors des diverses manipulations auxquelles ils sont soumis. Certains contaminants ne présentent aucun inconvénient. En revanche, d'autres sont susceptibles de nuire à la santé humaine. L'objectif de l'analyse microbiologique est de rechercher des contaminants par identification des microorganismes et quantification du nombre de colonies. L'analyse microbiologique s'intéresse également à des germes témoins de mauvaises pratiques hygiéniques. Pour chaque produit alimentaire, une liste de micro-organismes est établie par le législateur avec les taux de présence acceptables. Certains germes sont indésirables (salmonelles ou listéria, par exemple), d'autres doivent se trouver en quantité inférieure aux critères définis. Au-delà du rapport d'analyse, il est ensuite nécessaire d'interpréter le résultat et de rechercher les causes des éventuelles défaillances. | 
